Pour sa gestion, la Caisse s'est dotée de deux organes.

Le Conseil d'administration est l'organe suprême de la Caisse

La Loi sur la CPEV prévoit un Conseil d’administration composé de quatre représentants désignés par le Conseil d'Etat et de quatre représentants élus par l'Assemblée des délégués des assurés. Le Conseil d’administration assure la direction générale de la Caisse; il établit notamment le plan de financement de la Caisse, définit les bases techniques et pourvoit au placement de la fortune. Il adopte et modifie le Règlement des prestations de la Caisse qui fixe les prestations assurées et statue sur l'octroi de ces prestations.

L'Assemblée des délégués des assurés se compose de trente membres représentant les assurés et les pensionnés

Elle élit ses représentants au Conseil d’administration, prend connaissance du rapport de gestion et des comptes et donne son préavis sur toute modification de la Loi sur la Caisse de pensions de l'Etat de Vaud (LCP). Elle est informée de l'activité de la Caisse par le Conseil d'administration.