Pour sa gestion, la caisse s'est dotée de deux organes paritaire où les employés et les employeurs sont représentés en nombre égal:

Le Conseil d'administration est l'organe principal de la caisse. Il prend notamment les grandes décisions en matières de prestations et de placements, et officie comme autorité de recours.

L'Assemblée des délégués donne des préavis sur divers objets qui lui sont présentés par le Conseil d'administration ou le Conseil d'Etat et notamment sur les comptes, les modifications de loi.

En outre, Retraites Populaires, à qui la gérance de la caisse a été confiée par la Loi sur la Caisse de pensions de l'Etat de Vaud (LCP), administre les affaires courantes et met en oeuvre les décisions du Conseil d'administration sous sa surveillance.